Biologie Environnementale

entête pôleBE

 

Responsables : Thierry Beguiristain (IR) et Bénédicte Sohm (IgR)

Membres

Thierry Beguiristain (IR), Clément Bojic (IgE), Jonathan Bouquerel (IgE), Christine Friry (T), Hélène Le Cordier (AI), Sylvie Maggipinto (AjT), Céline Simon (T), Bénédicte Sohm (IgR), Marie Zaffino (ASI)

Le pôle rassemble les compétences et les moyens techniques dédiés à l’analyse d’organismes vivants et/ou leurs activités à différents niveaux d’organisation biologiques (molécule, cellule, population, communauté, écosystème).  Les méthodologies développées sont utilisées sur des organismes modèles en écotoxicologie aquatique et terrestre (poissons, moules d’eau douce, algues, plantes), sur des communautés de microorganismes aquatiques et terrestres et également sur des cultures de cellules eucaryotes.

Le panel d’analyses maitrisées est très diversifié (expression de gènes cibles, activités métaboliques, caractérisation de communautés bactériennes, détermination d’indice hydrobiologique…). L’utilisation de ces outils contribue à la compréhension du fonctionnement biologique des écosystèmes continentaux fortement anthropisés.

Le Pôle BE est localisé sur 3 sites Aiguillettes (A), Bridoux (B) et Charmois (C)

​Compétences et plateaux techniques disponibles

 

cultures d'algues

 

Analyseur Galaxy

 

phytotron

Tests d'écotoxicité (terrestre, aquatique)

Clément Bojic (B), Christine FRIRY (A)

  • Test normalisés écotoxicité sur Eisenia fetidia, végétaux, D. magna, Brachionus, P. subcapitata, F. mosseae, test Microtox
  • Enceintes de cultures - Phytotrons - Fluorimètre Victor Nivo - Microtox 500

Génotoxicité

Clément Bojic (B)

  • Test micronoyaux Vicia faba, Test d’Ames, Test Comètes    

Biomarqueurs, bioindicateurs

Marie Zaffino (B), Bénédicte Sohm (B)

  • Production de CO2, microresp., Analyse de biomarqueurs
  • Automates de spectrophotométrie:  Konelab 20XTi et Gallery       

Expérimentateur Animalier (DU)

 

observation vivant
terrain

 

Systématique Aquatique et terrestre

Jonathan BOUQUEREL (B)

  • Capture in situ, tri, identification taxonomique des macroinvertébrés, indices biologiques normalisés (I2M2, IBGN)
  • Dispositifs de piégeage pour faune du sol et aquatique. Parc optique (loupes binoculaires)

Palynologie / Anthracologie

Jonathan BOUQUEREL (B)

  • Prélèvement in situ, identification taxonomique des pollens et charbons de bois
  • Parc optique (loupe binoculaire, microscope optique à lumière polarisée)
enceinte de culture

Cultures microbiennes

Thierry BEGUIRISTAIN (A), Marie Zaffino (B), Hélène LE CORDIER (A, C)

  • Bactéries, champignons, cultures aérobies, anaérobies, liquides, solides, microplaques, gels de silice hybrides, dénombrement, isolement
  • Autoclaves - PSM type I et II - Enceintes de cultures – Chambre anoxique et système Anoxomat

Culture cellulaire

Clément Bojic (B)

  • Culture de lignées cellulaires eucaryote
  • Salle blanche P2

 

nanodrop

 

spectro

 

 

Biologie moléculaire, biochimie

Thierry BEGUIRISTAIN (A), Bénédicte Sohm (B), Hélène LE CORDIER (A, C)

  • Quantification et expression de gènes, Western blot, mesures d'activité enzymatique
  • qPCR CFX Connect & Step One - Chemidoc – Nanodrop - Spectrofluorimètre SAFAS

Transcriptomique, protéomique

Bénédicte Sohm (B)

  • Analyse d'expression de gènes
  • Bioanalyser - Dispositif microarray Agilent -  Gels 2D (Protean IEF Cell, Ettan Dalt 6)

Microscopie

Clément Bojic (B)

 

Cytomètre

Cytomètrie

Bénédicte Sohm (B)

  • Mesure de paramètres cellulaires (viabilité, stress oxydatif…), marquage fluorescent de protéines
  • Attune Next (BVY – 11 colors) - Accuri C6 (BR – 6 colors)

Histologie

Céline SIMON (B)

  • Coloration (H&E, Giemsa...), histochimie, détection in situ de parasites, impact tissulaire de contaminants
  • Cryostat CM1950 Leica – Ultramicrotome Ultracut 6 – Colorateur Autostainer XL​