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Responsable d'équipe : Aurélie Cébron
Membres :
Chercheurs & enseignants-chercheurs : Pascale Bauda (PR) ; Thierry Beguiristain (IR) ; Damien Blaudez (MC) ; Patrick Billard (MC) ; Aurélie Cébron (DR) ; Michael Danger (MC) ; Marie Le Jean (MC) ; Armand Maul (PR Emerite) ; Christophe Pagnout (MC) ; Asfaw Zegeye (CR).
Doctorants : Xiaoting Cheng; Eva Delatour ; Nicolas Fierling ; Lilian Gréau ; Samantha Souvignet
Post-doctorants & ATER : Nicolas Gallois ; Clément Layet ; Post-doc X projet MIBIREM ; Laura Wechtler.
Ils sont passés par EMMA : Ziming Wang
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EMMA
Comprendre les mécanismes microbiens pour une meilleure gestion des milieux anthropisés
Les recherches menées au sein de l’équipe EMMA visent à mieux comprendre le fonctionnement des milieux anthropisés en nous intéressant aux microorganismes (bactéries et champignons), acteurs clés du fonctionnement des écosystèmes et de la dynamique des contaminants (organiques et métalliques).
L’équipe EMMA est reconnue pour son expertise des interactions contaminants-microorganismes à toutes les échelles d’organisation (de la cellule à l’échelle des communautés et de l’écosystème). Nos travaux combinent des approches de biologie moléculaire (génomique, délétomique, transcriptomique…), biologie synthétique (biosenseurs), microscopie, mesures d’activités, stœchiométrie, isotopie, traits fonctionnels, modélisation et machine learning…
Les recherches se structurent autour de 3 thèmes :
Thème 1 - Réponses des microorganismes lors d’une exposition à des contaminants. i) Etudier des mécanismes moléculaires chez des microorganismes modèles pour rechercher les gènes, protéines et voies métaboliques de transport ou de résistance aux contaminants; ii) Evaluer la résistance, l’adaptation et la résilience des communautés microbiennes dans les sols et milieux aquatiques; et iii) Considérer les interactions entre les microorganismes et le reste de la biosphère en regardant par exemple la réponse des holobiontes plante-microbiome.
Thème 2 - Rétroactions fonctionnelles : impact des microorganismes sur les contaminants. i) Mettre en œuvre des outils d’évaluation de la biodisponibilité des métaux; ii) Etudier la dynamique des contaminants organiques dans des systèmes complexes; iii) Evaluer l’impact fonctionnel au niveau écosystémique.
Thème 3 - Transfert de nos connaissances vers une recherche appliquée. i) Développer des outils diagnostic basés sur des bioindicateurs microbiens fonctionnels; ii) Proposer et évaluer des approches innovantes pour la bio- et phyto-remédiation basées sur les microbiomes.