FRANKLIN Ellis

Doctorant en Bioinformatique & Ecotoxicologie Aquatique

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Outil d’analyse et clés d’interprétation toxicologique de réponses transcriptomiques temps- et dose-dépendantes : conception à partir de l’effet du di-n-butyl phtalate sur Daphnia magna et Danio rerio.

La toxicologie environnementale vise à comprendre les impacts d’une contamination, et identifier les cascades d’effets adverses depuis l’expression des gènes jusqu’aux répercussions sur la santé des organismes. Face à des données « omiques » très coûteuses et d’une grande complexité, il est crucial de développer des outils dédiés à leur analyse et des clés d’interprétation, et de les partager. L’enjeu sera de concevoir des outils méthodologiques non ciblés, à la fois accessibles et reproductibles, adaptés à l’analyse et l’interprétation des données “omics” temps- dose- dépendantes. Ce projet s’appuiera sur l’étude de la réponse transcriptomique à l’exposition au composé perturbateur endocrinien di-n-butyle phtalate (DBP) de Danio rerio (données dose-réponse acquises récemment au LIEC dans le cadre d’un projet porté par Sophie Prud’homme - LIEC) et Daphnia magna (données temps-dose-réponse dans le cadre d’un projet ANR « jeune chercheur » porté par Elise Billoir - LIEC). L’étude de ce dernier jeu de données, unique en son genre, constitue un excellent support pour développer une méthode d’analyse non ciblée visant à mettre en évidence des modes d’action potentiels qui seront ensuite validés par des expérimentations ciblées réalisées dans le courant du projet de thèse.

- English version -

Analysis tool and toxicological interpretation keys for time- and dose-dependent transcriptomic responses: design based on the effect of di-n-butyl phthalate on Daphnia magna and Danio rerio.

Environmental toxicology aims to understand the impacts of contamination and identify the cascades of adverse effects from gene expression to the repercussions on the health of organisms. Faced with highly costly and complex "omics" data, it is crucial to develop dedicated analysis tools and interpretation keys, and to share them. The challenge will be to design non-targeted methodological tools that are both accessible and reproducible, suited for the analysis and interpretation of time- and dose-dependent "omics" data. This project will be based on the study of the transcriptomic response to exposure to the endocrine-disrupting compound di-n-butyl phthalate (DBP) in Danio rerio (dose-response data recently acquired at LIEC as part of a project led by Sophie Prud’homme - LIEC) and Daphnia magna (time-dose-response data as part of an ANR “young researcher” project led by Elise Billoir - LIEC). The study of this latter dataset, unique in its kind, provides an excellent basis for developing a non-targeted analysis method aimed at highlighting potential modes of action, which will then be validated by targeted experiments conducted during the course of the thesis project.