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Statut
Directrice de Recherche
Coordonnées
Faculté des Sciences et Technologies
Bd des Aiguillettes, BP70239
54506 Vandoeuvre-les-Nancy
FRANCE
Téléphone
Adresse mail
aurelie.cebron@univ-loraine.fr
Identifiant HAL
aurelie-cebron
Mes travaux portent sur l ‘étude de la diversité microbienne des sites historiquement contaminés par des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP). Mon objectif est d’évaluer l’impact de l’anthropisation sur l’abondance, la composition taxonomique et fonctionnelle et l’activité des microorganismes présents dans ces sols. Je cherche à comprendre l’influence de la présence de plantes et l’effet rhizosphère sur la structuration des communautés microbiennes. De plus, la diversité et l’activité des populations microbiennes impliquées dans la biodégradation des HAP in situ et ce dans des conditions contrastées est aussi au coeur de mes travaux. Par ailleurs, je développe aussi les approches basées sur les traits fonctionnels des microorganismes et dans ce cadre j'ai développé la base de donnée BactoTraits.
Je suis actuellement impliquée dans plusieurs projets dont :
- Coordinatrice du projet ANR EndOMiX (ANR-19-CE34-0009, https://anr.fr/Projet-ANR-19-CE34-0009) 2020-2024, qui a pour but d’étudier le « Rôle des associations plantes-microorganismes endophytes (bactéries et champignons) dans la biodégradation des hydrocarbures aromatiques polycycliques » en collaboration avec le Li2D (CEA, Marcoul), l’IBMP (Strasbourg) et IAM (INRAE, Champenoux). Une Thèse (Lilian Gréau) et PostDoctorant (Nicolas Gallois) sont associés à ce projet.
- Partenaire du projet MIBIREM – Toolbox for Microbiome based Remediation (HORIZON-CL6-2021-CIRCBIO-01-07), 2022-2027. 12 partenaires Européens (porteur Austrian Institut of Technology et RTDS, Autriche). Le projet développera une boîte à outils unique pour des applications environnementales de biorémédiation basées sur l’inoculation de microbiomes. Le projet développera des méthodes moléculaires pour le suivi, l'isolement, la culture et et l’utilisation de microbiomes (consortia bactériens) pour la biodégradation des hydrocarbures, de l’hexachlorocyclohexane et des cyanures. Un PostDoctorant (Jiangtao Qiao) et une Assitante Ingénieure (Audrey Vauloup) sont associés à ce projet.
Responsabilités administratives
- Responsable de l'équipe EMMA (Écologie Microbienne des Milieux Anthropisés)
- Membre du CS du LIEC
- Membre du CS EC2CO AT_Microbiome (https://programmes.insu.cnrs.fr/ec2co/microbiome/)
- Membre du Copil du Réseau EcotoxicoMic (https://ecotoxicomic.org/)
- Membre du CA de l'AFEM (Association Francophone d'Écologie Microbienne)
Thématiques de recherche
Ecologie microbienne et microbiologie des milieux fortement contaminés. Diversité taxonomique (séquençage haut-débit : métabarcoding) et fonctionnelle (lien diversité-fonction : Stable Isotope Probing (SIP), recherche des déterminants génétiques : qPCR, Métagénomique/Métatranscriptomique, séquençage shotgun) des communautés bactériennes et fongiques de sols multi-contaminés de friches industrielles. Biodégradation des polluants organiques (hydrocarbures, HAP, pesticides). Rôle de la rhizosphère et des exsudats racinaires. Interactions plantes-microorganismes et holobionte (microorganismes rhizosphériques et endophytes). Interactions bactéries-champignons. Traits fonctionnels microbiens (base de données BactoTraits).
Enseignements / encadrement
- Responsable de l'UE Gestion des Sites et Sols Pollués. Master Sol, Eau, Environnement de l'Université de Lorraine.
- Cours en Master II : « Introduction à la gestion des sites et sols pollués », « Biodégradation et bioremédiation des polluants organiques par les microorganismes des sols », « Qualité microbiologique des sols, normalisation et bio-indicateurs », « Biodégradation des contaminants organiques dans la rhizosphère et l’endosphère de la plante », « Utilisation de la technique de Stable isotope Probing pour étudier l’effet des plantes sur l’identité, l’abondance et l’activité des bactéries dégradant le phénanthrène dans les sols contaminés »