FRANKLIN Ellis

Doctorant en Bioinformatique & Ecotoxicologie Aquatique

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Outil d’analyse et clés d’interprétation toxicologique de réponses transcriptomiques temps- et dose-dépendantes : conception à partir de l’effet du di-n-butyl phtalate sur Daphnia magna et Danio rerio.

La toxicologie environnementale vise à comprendre les impacts d’une contamination, et identifier les cascades d’effets adverses depuis l’expression des gènes jusqu’aux répercussions sur la santé des organismes. Face à des données « omiques » très coûteuses et d’une grande complexité, il est crucial de développer des outils dédiés à leur analyse et des clés d’interprétation, et de les partager. L’enjeu sera de concevoir des outils méthodologiques non ciblés, à la fois accessibles et reproductibles, adaptés à l’analyse et l’interprétation des données “omics” temps- dose- dépendantes. Ce projet s’appuiera sur l’étude de la réponse transcriptomique à l’exposition au composé perturbateur endocrinien di-n-butyle phtalate (DBP) de Danio rerio (données dose-réponse acquises récemment au LIEC dans le cadre d’un projet porté par Sophie Prud’homme - LIEC) et Daphnia magna (données temps-dose-réponse dans le cadre d’un projet ANR « jeune chercheur » porté par Elise Billoir - LIEC). L’étude de ce dernier jeu de données, unique en son genre, constitue un excellent support pour développer une méthode d’analyse non ciblée visant à mettre en évidence des modes d’action potentiels qui seront ensuite validés par des expérimentations ciblées réalisées dans le courant du projet de thèse.